باتری آیفون 6s از نوع داخلی (غیر قابل تعویض توسط کاربر) و لیتیوم یونی است. ظرفیت باتری آیفون 6 اس به 1715 میلی آمپر ساعت رسیده که برای تغذیه تاچ و ال سی دی ایفون 6S خوب به نظر میرسد. طبق اطلاعات رسمی شرکت اپل باتری ایفون 6 اس در شبکه‌ی 3g در حالت استندبای تا 240 ساعت دوام می‌آورد. در مکالمه‌ی شبکه‌ی 3g نیز تا 14 ساعت به طور پیوسته می‌توان از طریق این گوشی اپل مکالمه داشت قبل از این که شارژ آن خالی شود. داخلی یا غیرقابل تعویض بودن باتری گوشی آیفون این مزیت را ندارد که هنگام تمام کردن شارژ گوشی از باتری یدکی استفاده کنید اما باتری های غیرقابل تعویض نیز مزایای خودشان را دارند. بهتر است برای شارژ کردن باتری این گوشی از شارژر اصلی آیفون 6s استفاده کنید تا عمر باتری‌تان افزایش یابد.