فلفل هابانرو لیمویی با بذر تکثیر شده و بصورت بوته ای رشد می کند. بوته ای نسبتا کوچک دارد که ساقه علفی آن به شاخه های زیادی منشعب می شود. بوته و شاخه های این گیاه به رنگ سبز است. در زمان بلوغ، گل های کوچک زیادی بر روی شاخه های این گیاه شکفته می شود که به مرور تبدیل به فلفل می گردد. فلفل این گیاه کوچک و اندازه آن در حدود 4 تا 5 سانتیمتر است. از نظر ظاهری این نوع فلفل، پوست تقریبا چروکیده ای دارد که چروک های آن بصورت برجسته هستند و ظاهری جالب به این نوع فلفل می دهد. رنگ این نوع فلفل زرد مایل به نارنجی می باشد. ارتفاع این نوع فلفل در نهایت رشد با توجه به فراهم بودن شرایط اقلیمی متغیر بوده و بین 45 تا 55 سانتیمتر در نوسان می باشد.