هندوانه کنگو دارای برگ‌های بزرگ و سبز رنگی است که شیارهای عمیقی بر روی آن‌ها قرار دارد. ساقه‌ی این هندوانه علفی است و گل‌هایش بزرگ هستند. میوه‌ی آن دارای قسمتی گوشتی به رنگ صورتی است که درون آن تعداد کمی دانه یا تخمه‌ی مشکی غیرخوراکی وجود دارد. ظاهر هندوانه کنگو کشیده، کروی و گرد است که خطوط راه راهی به رنگ سبز پر رنگ و کمرنگ بر روی آن قرار دارد. وزن هندوانه‌ها به ۵ تا ۱۰ کیلوگرم و حتی بیشتر هم می‌رسد. بوته هندوانه کنگو به صورت رونده رشد می‌کند و تا ارتفاع ۷۰ الی ۱۵۰ سانتی‌متر می‌تواند رشد کند و بلند شود.