Systems Biology: Philosophical Foundations (زیست‌شناسی سیستم‌ها: بنیان‌های فلسفی) اثر Fred Boogerd، Frank J. Bruggeman و Jan-Hendrik S. Hofmeyr (فرد بوگرد، فرانک جی. بروگمن و یان-هندریک اس. هافمیر) کتابی است که در سال 2007 منتشر شده‌است. این کتاب به بررسی بنیان‌ها و مبانی فلسفی زیست‌شناسی سیستم‌ها می‌پردازد. نویسندگان ضمن تشریح چارچوب مفهومی و هستی‌شناسی زیست‌شناسی سیستمی، به موضوعاتی همچون سازمان‌یابی، پیچیدگی، علیت و شبکه‌های زیستی از منظر فلسفی می‌پردازند. این اثر برای دانشجویان و محققان حوزه‌های زیست‌شناسی سیستمی و فلسفه علم مفید است.