رمان طاعون، داستان شیوع یک بیماری مهلک را در اوران، شهری بزرگ در الجزایر، روایت می کند. هزاران موش در ماه آوریل، به بیماری مبتلا شده و می میرند. وقتی که ترسی نه چندان عمیق، جامعه را فرا می گیرد، روزنامه ها و جراید شروع به تأکید بر اهمیت یک اقدام فوری می کنند و درنهایت، مقامات دولتی دستور به جمع آوری و سوزاندن روزانه ی موش ها می دهند. خیلی زود پس از این اتفاق، میشل که دربان ساختمانی است که دکتر ریو در آن کار می کند، پس از ابتلا به تبی عجیب، جان خود را از دست می دهد. بعد از به وقوع پیوستن چندین مورد مشابه، یکی از همکاران دکتر ریو به نام کاستل، مطمئن می شود که این بیماری، طاعون است. او و دکتر ریو مجبور می شوند تا با انکار و بی اعتنایی مقامات دولتی و سایر پزشکان در رابطه با اقدامی سریع و سرنوشت ساز برای کنترل بیماری، به مبارزه برخیزند.