داستان بازی: برسد به دست کارآگاهان ویژه، مدارک حاوی اطلاعات پلیس و سرنخ‌های گروگان‌گیر است. یک بسته مهر و موم شده‌ی مشکوک به اداره پلیس ارسال شده است و پس از تحقیقات اولیه اطلاعات به دست آمده توسط پلیس به همراه محتویات بسته به بخش جنایی ارسال می‌شود. شما به عنوان تعدادی از کارآگاهان خبره‌ی بخش جنایی مسئول حل پرونده گروگان‌گیری پیش رو هستید. زمان زیادی برای اثبات خود ندارید. موضوع بازی پرونده راز چشم ها بدین ترتیب است که یک شخص 10 نفر را گروگان گرفته است و با شما تماس گرفته است و می گوید که او به دنبال شهرت یا پول نیست. او از شما تنها یک خواسته دارد. آن هم این است که معمایی را حل کنید. علت گروگان‌گیری و مشکل هر یک از این 10 نفر را پیدا کنید.