فیلتر ها نقش بسیار مهمی در تمیز و شفاف کردن و تصویه آب مخزن ماهی ها ایفا میکنند. فیلتر تصفیه همیشه یکی از ضروری ترین لوازم آکواریوم است و باعث رشد بهتر ماهی میشوند. فیلترهای داخلی درون آکواریوم قرار می گیرند و از طریق بادکش به دیواره آکواریوم متصل می شوند. این نوع فیلترها صدای کمتر و همچنین هزینه کمتری دارند.بعضی ازفیلتر داخلی آکواریوم از یک دریچه ی هوا که متصل به ورودی فیلتر است و از پمپ هوا قدرت می گیرد استفاده می کنند. این ویژگی از طریق حرکت آب در حین تصفیه حباب های هوا می سازد.