کتاب پنهان جان ابتدا درمورد تاریخچه و اهمیت خودشناسی سخن گفته و سپس به موضوعاتی مانند بقای نفس، آرای ملاصدرا و ابن‌سینا دربارهٔ شناخت نفس، انسان‌شناسی معاصر، ارتباط ادیان با موضوع خودشناسی، دیدگاه‌های دانشمندان درمورد حقیقت نفس، روح، عقل، قلب، خودآگاهی و انواع آن، روش خودشناسی و اقسام آن، شیوهٔ خودشناسی و... سخن گفته است.