داستانِ «کتاب مخفی» داستان ماهان است. یک شخصیّت ایرانی. او یک تاریخ نویس است که برای شفای چشم‌های کور فرزندش شهر به شهر به دنبال یک طبیب می‌گردد. به او خبر می‌رسد که در مدینه پیامبری ظهور کرده است که اعجاز می‌کند. او به قصد شفای چشمان فرزندش به همراه همسرش به مدینه می‌رود و پسرش شفا می‌گیرد. او شیفته اخلاقیّات رسول خدا و امیرالمومنین می‌شود و قصد دارد در مدینه بماند و زندگی‌اش را در آن جا ادامه دهد. ماهان بنا بر شغلی که دارد، شروع می‌کند به نوشتن تاریخ سفرش. او تاریخ روزهایی که در مدینه بوده را می‌نویسد. آخرین حج رسول خدا و ماجرای غدیر را نیز در کتابش می‌آورد و اتفاقاً در این حین با مخالفان غدیر و منافقان صدر اسلام نیز آشنا می‌شود و متعجّب است که چگونه مخالفان و منافقان تا درون خانه رسول خدا نیز نفوذ کرده‌اند.