داستان کیمیاگر، براساس قصه‌ای از هزار و یک شب نوشته شده و ماجرای پسری است به نام سانتیاگو که در شهر زیبای آندلس زندگی می‌کند و به چوپانی مشغول است. آندلس، شهری که توریست‌های زیادی را به خاطر داشتن دهکده‌های تاریخی و طبیعت سرسبزش به خود جذب می‌کند. این زیبایی‌ها توجه سانتیاگو را به خود جلب کرده بود. سانتیاگو چوپانی است که به گله‌اش علاقه‌ی زیادی دارد، با این‌که می‌داند گوسفندهایش فقط به آب و غذا فکر می‌کنند و هیچ‌وقت متوجه سرسبزی طبیعت که در آن هستند نمی‌شوند و زیبایی غروب را نمی‌بینند و نمی‌توانند آن را تعریف و یا تحسین کنند اما در کنار گوسفندانش سفر می‌کند.