فیلتر زیر شنی آکواریوم، از شن به عنوان رسانه فیلتراسیون استفاده می کند. بنابراین فیلتراسیون مکانیکی و بیولوژیکی را به صورت همزمان فراهم می کند. باکتری های مفید، معمولاً روی سطح اجسام و خصوصا خلل و فرج تشکیل شده و شروع به تکثیر می کنند. در حالی که باکتری های مخرب و غیر مفید، معمولا در آب شناور می شوند.