باکیفیت‌ترین و خالص‌ترین نوع پروتئین سویا، ایزوله سویا است. برای تهیه این پروتئین، تمام کربوهیدرات، چربی و فیبر لوبیای سویا استخراج می‌شود و تنها چیزی که باقی می‌ماند پروتئین آن است. این نوع پروتئین، ارزش بیولوژیکی بالایی دارد و به راحتی جذب بدن می‌شود.درصد پروتئین این محصول 90 درصد میباشد. همین موضوع پودر پروتئین سویا ایزوله را به یک ماده غذایی ارزشمند برای ورزشکاران و افراد فعال تبدیل می‌کند. در نتیجه، معمولاً در مکمل‌های بدنسازی و شیک‌های پروتئینی، محصولات لبنی غنی شده و محصولات جایگزین گوشت یافت می‌شود.افراد گیاهخوار به راحتی میتوانند از این محصول استفاده کنند .لازم به ذکر است پروتئین سویا قوی ترین منبع پروتئین های گیاهی است زیرا تمام آمینواسید ها را دارا میباشد.