کیمیاگر، داستان جوانی است که به‌دنبال کیمیا از این شهر به آن شهر می‌رود و در پی کسی است تا بتواند علم کیمیا را از او بیاموزد. اما دست تقدیر او را درگیر ماجرایی می‌کند و در نهایت مس دلش تبدیل به کیمیا می‌شود. او با دختری به نام نورا روبه‌رو می‌شود که شاگرد امام جعفر صادق(علیه‌السلام) است. نورا در متن ماجرا، به دربار هارون می‌رسد و جوان، شاهد گفت‌وگوی چالشی نورا با دانشمندان بغداد می‌شود و در نهایت زندگی او دچار تغییر اساسی می‌شود.