داستان تنفس در بی نهایت در زمان امام هادی(علیه السلام) می گذرد . در زمانه ای که که مشکلات عمیق اعتقادی، فرهنگی، سیاسی، اجتماعی و خفقان گسترده ای در جامعه و نسبت به امام و شیعیان وجود داشته است. در این زمان پیروان امام در بیشتر شهرها تحت نظر بودند و توسط عوامل حکومت کشته یا زندانی می شدند. عبدالرحمن شخصیت اصلی داستان که فردی جنگ آور و ورزیده است ، به زادگاهش اصفهان برمی گردد و باخبر می شود تمام اعضای خانواده اش توسط ببرک داروغه که فردی خونخواراست، کشته شده اند. ماموران ببرک در پی یافتن عبدالرحمن هستند. طی ماجراهایی عبدالرحمن با مامورین داروغه درگیر و با بدنی نیمه جان و زخمی موفق به فرار می شود. عبدارحمن توسط آسیه و خانواده اش پنهان می شود و با مراقبت های شبانه روزی آسیه از مرگ نجات پیدا می کند. او بعد از ازدواج با آسیه مجبور به فرار از اصفهان می شود. عبدالرحمن باید خودش را به سامرا برساند و ماموریت نیمه تمامش را تمام کند، پنهانی به سامرا می رود و با خطرات زیادی روبرو می شود تا اینکه در آن جا متوجه می شود که صاحب اصلی خلافت مسلمین و جانشین برحق رسول الله چه کسی است، او در زمره یاران امام هادی (علیه السلام) ...