کتاب دو قرن سکوت نخستین بار در نشریه «مهرگان» به صورت پاورقی چاپ شد و سپس در سال 1330 به صورت یک کتاب کامل منتشر شد. این کتاب با سرعت فروش رفت و در بازار کتاب نایاب شد اما عبدالحسین زرین‌کوب به چاپ مجدد کتاب رضایت نداد و اعلام کرد قصد دارد کتاب را برای چاپ‌ها بعدی بازنویسی کند. سرانجام پس از پنج سال بررسی منابع متعدد در سال 1336 متن کامل‌تر و جامع‌تری را در انتشارات امیرکبیر چاپ کرد. او در مقدمه این ویرایش دوم به برخی از انتقادات بر کتاب اول پاسخ داد و آن را ناشی از جوانی و تعصب خود دانست. زرین‌کوب در کتاب دو قرن سکوت به تفسیر شرح می‌دهد که ایرانیان پس از حمله اعراب برای نشر اسلام چنان در بهت و حیرت فرو رفتند که امکان واکنش منطقی را نداشتند پس چیزی جز زبان شمشیر نشناختند و دو قرن جز با شمشیر سخن نگفتند. زرین‌کوب در این کتاب از برخی شواهد تاریخی صحبت می‌کند که در اصالت آن‌ها شک است اما این کتاب تاریخ ایران پس از اسلام هم‌چنان به‌عنوان یکی از منابع معتبر و محبوب در بین ادیبان و پژوهشگران شناخته می‌شود.