بسیاری از مطالعات و آزمایشات پزشکی تایید می‌کنند که فلفل سیاه فعالیت مجاری گوارشی را تقویت می‌کند و علاوه بر بهبود فرآیند هضم غذا، تحریک کننده ترشحات بزاقی است. این ادویه هم چنین در بهبود عملکرد معده نقش مفیدی دارد. فلفل سیاه پرزهای چشایی را تحریک می‌کند و پیامی ‌به معده می‌فرستد که باعث ترشح اسید هیدروکلوریک و در نتیجه هضم بهتر غذا می‌شود. وجود اسید هیدروکلوریک برای هضم پروتئین‌ها و دیگر مواد غذایی در معده ضروری است. در استعمال داخلی به عنوان محرک اشتها، مدر، بادشکن، گرم کننده و ضد سم و برای رفع انواعی از مسمومیت‌های غذایی به کار می‌رود. همچنین فلفل سیاه برای معالجه اسهال تابستانه، اسهال خونی، کاهش احتمال سرماخوردگی و دردهای روماتیسمی مفید است.